基于轉(zhuǎn)錄組序列的楠木SSR分子標(biāo)記開發(fā)

摘要： 【目的】通過對(duì)楠木轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析,開發(fā)楠木SSR分子標(biāo)記技術(shù),為楠木遺傳多樣性分析和資源保護(hù)提供保障。【方法】將楠木高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序獲得的67 331條Unigene進(jìn)行簡(jiǎn)單重復(fù)序列(SSR)位點(diǎn)挖掘和分析,并結(jié)合引物驗(yàn)證,初步證明其可行性。【結(jié)果】通過軟件分析,共獲得9 405個(gè)SSR位點(diǎn),出現(xiàn)頻率為13.97%,涉及序列數(shù)量為6 667條,發(fā)生頻率為9.90%。SSR序列中包括166種重復(fù)基元類型,其中,單核苷酸、二核苷酸和三核苷酸為優(yōu)勢(shì)重復(fù)類型,SSR位點(diǎn)數(shù)分別為3 890(41.36%),2 885(30.68%),2 489(26.46%)。SSR位點(diǎn)重復(fù)次數(shù)差別較大,其中重復(fù)10次比例最高,SSR位點(diǎn)數(shù)為1 621(17.24%),其次是5次(1 549,16.47%)和6次(1 495,15.90%)。主導(dǎo)重復(fù)基元類型為A/T(40.67%),AG/CT(27.59%),AAG/CTT(11.29%)。運(yùn)用多態(tài)性分析的方式初步驗(yàn)證了SSR位點(diǎn)在楠木標(biāo)記中的可行性。同時(shí),利用Primer 3.0進(jìn)行引物設(shè)計(jì),隨機(jī)篩選18對(duì)進(jìn)行驗(yàn)證,9對(duì)引物可以擴(kuò)增出預(yù)期大小的條帶?！窘Y(jié)論】通過對(duì)楠木高通量轉(zhuǎn)錄組序列的SSR信息的研究,獲得6 667條SSR序列,主導(dǎo)重復(fù)類型為A/T,AG/CT和AAG/CTT。同時(shí)隨機(jī)挑選18對(duì)引物對(duì)SSR分子標(biāo)記方法進(jìn)行驗(yàn)證。本文對(duì)楠木SSR標(biāo)記的研究將有助于楠木基因挖掘、分子標(biāo)記育種和資源保護(hù)。 （共8頁）