利用Solexa測(cè)序技術(shù)鑒定甜橙miRNAs

摘要： 【目的】預(yù)測(cè)鑒定甜橙miRNA及其作用機(jī)制和功能,為深入研究挖掘甜橙miRNA及其抗病相關(guān)miRNA的作用等提供翔實(shí)的基因信息。【方法】利用高通量測(cè)序技術(shù)、相關(guān)的生物信息學(xué)軟件和數(shù)據(jù)庫(kù),構(gòu)建甜橙小RNA文庫(kù),然后以甜橙基因組為參考基因組,進(jìn)行甜橙miRNA鑒定和靶基因預(yù)測(cè);利用GO和KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)靶基因進(jìn)行功能分析?！窘Y(jié)果】成功構(gòu)建了甜橙小RNA文庫(kù):獲得12 617 944條小RNA序列分屬于3 065 625種小RNA序列,獲得序列中24 nt長(zhǎng)的序列最多,占到序列的49.3%。鑒定出2 199 561條miRNA,其中已知miRNA638 722條,分屬52種miRNA家族,候選miRNA1 560 839條,分屬204種miRNA。已知的52種保守miRNA基因預(yù)測(cè)出927個(gè)靶基因位點(diǎn),候選miRNA中有154種預(yù)測(cè)出1 777個(gè)靶基因位點(diǎn)。GO數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)靶基因分類顯示,甜橙miRNA調(diào)控的靶基因主要參與多細(xì)胞互作、轉(zhuǎn)錄本調(diào)控和細(xì)胞組成等生物學(xué)途經(jīng)和分子功能方面。KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)中病原物與寄主互作亞庫(kù)分析結(jié)果顯示,靶基因主要與抗性蛋白、轉(zhuǎn)錄因子和抗病酶等關(guān)聯(lián)?！窘Y(jié)論】預(yù)測(cè)鑒定出一批甜橙miRNA及其調(diào)控的靶基因,為進(jìn)一步研究提供了參考信息。 （共12頁(yè)）